El trabajo del Centro de Análisis Social y Económico en Salud se desarrolla en cuatro diferentes áreas: mercado laboral, finanzas y salud; políticas públicas y salud; desarrollo humano, equidad y salud, y generación de recursos, relaciones interinstitucionales y comunicación social.

El objetivo del área relacionada con el mercado laboral consiste en brindar información e investigar sobre las implicaciones económicas de las políticas públicas para el propio gobierno, las empresas, los trabajadores y las familias; formar recursos humanos para la salud en el contexto de las transiciones económicas, sociales y demográficas que experimenta el país, y apoyar la toma de decisiones dentro de la familia en lo que se refiere a la distribución del tiempo y la asignación de recursos entre participación laboral, inversión en capital humano y cuidado de la salud familiar. 

El componente de políticas públicas tiene como objetivo realizar investigaciones y brindar información útil para el diseño del sistema de salud en general y de las instituciones que conforman el sector salud, así como reunir información en apoyo a la toma de decisiones acerca de la formulación de programas y proyectos en el sector salud.  

El componente de desarrollo humano, equidad y salud tiene como propósito de investigar la relación exsitente entre los diferentes sectores que conforman la política social, identificar los grupos vulnerables que requieren una atención especial por parte del sector salud y los demás sectores sociales, y realizar estudios sobre la equidad del sistema de salud.

Por último, el área de generación de recursos, relaciones interinstitucionales y comunicación social busca identificar herramientas de apoyo para optimizar la capacidad productiva de CASESalud y contribuir financieramente con FUNSALUD.